Prénom rare que l'on rencontre à la fin du Moyen Age. Deux hypothèses :
1.- le matronyme d'un saint BONNET qui a vécu au VIIème siècle, lui-même issu du diminutif latin bon-itus de bon(us).cf.2.
2.- l'hypocoristique de BONNE, autre prénom que l'on rencontre dans les documents médiévaux à la fin du Moyen Age. Ce BONNE est le féminin de BON, surnom accordé au roi : Jehan le BON, (1350-1364),
et l'on sait combien les rois ont influencé le choix des prénoms.
Ce BON, du latin bon(us) bon(a) n'a pas le sens de générosité qu'on lui attribue aujourd'hui, mais plutôt le sens de brave, vaillant. Le courage du roi Jehan à la bataille de Poitiers est légendaire.
A rapprocher de : le bon-homme = le brave homme.

BENOÎTE n'a pas de rapport avec le précédent. C'est tout simplement le féminin de Benoît issu du latin d'église : Benedict(us) , qui est béni de Dieu. Il traduit l'influence au Moyen Age de Saint Benoît qui fonda l'ordre des bénédictins. Cf. la forme moderne de Benoîte: Bénédicte.